Evolution de l'empreinte pendant le développement embryonnaire pré-implantatoireJuste après la fécondation, survient une vague de déméthylation globale de tout le génome de l'embryon. Cette déméthylation débute avant même la fusion des deux pronuclei et le début de la réplication de l'ADN précédant la première division de segmentation. Le génome du pronucleus mâle subit une déméthylation très rapide (phénomène actif probablement sous l'action d'une enzyme mais aucune n'a pu être identifiée jusqu'à présent), alors que le pronucleus féminin est peu à peu déméthylé au fur et à mesure des divisions cellulaires par absence de reméthylation du brin néosynthétisé. Cette déméthylation globale est maximum à la fin de la première semaine de développement, mail elle respecte les DMRs des gènes soumis à empreinte. Après l'implantation, le génome embryonnaire est reméthylé de façon globale pour restaurer un niveau de méthylation identique à celui des cellules somatiques adultes. Cette reméthylation respecte encore une fois les DMRs. Les cellules de la lignée extra embryonnaire (trophoblaste et dérivés) sont également concernées par cette méthylation, mais elles restent globalement hypométhylées par rapport aux cellules somatiques.
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