Inactivation directe par des ARN antisens

Les ARN antisens semblent être associés à une majorité de gènes soumis à empreinte et participent à la régulation de l'expression de plusieurs façon différentes.

Un des moyens consiste en une inactivation directe par l'ARN antisens produit.

Sur l'allèle méthylé (ici l'allèle maternel), l'antisens n'est pas transcrit et donc le gène sens s'exprime sans problème.

En revanche, sur l'allèle déméthylé, l'antisens va pouvoir être transcrit et l'ARN produit va s'hybrider avec l'ARN sens (dont il est le complémentaire) pour former un ARN double brin qui ne pourra pas être traduit. Le gène ne sera donc pas exprimé à partir de cet allèle.