Les gènes soumis à empreinte présentent des caractéristiques communes

• Méthylation différente sur les deux allèles parentaux : les gènes soumis à empreinte sont associés à des régions dont le niveau de méthylation sur l'allèle paternel et l'allèle maternel sont différents (DMR = Differentially Methylated Regions). Ces sites de méthylation différentielle jouent un rôle primordial dans la régulation des gènes soumis à empreinte. Ils peuvent être localisés dans le gène ou à distance du gène.

• Asynchronisme de réplication : au niveau des régions soumises à empreinte, on observe un timing différent de réplication des deux allèles parentaux. Dans la très grande majorité des cas étudiés, l'allèle paternel se réplique avant l'allèle maternel.

• Fréquence de recombinaison méitoique variable dans les lignées germinales féminine et masculine